「pepsin」は新ラテン語に由来し、さらに遡るとギリシャ語の「pepsis」(πέψις)に由来する。語根「peptein」は「消化する」「料理する」を意味した。

ギリシャ語の「pepsis」（消化）から科学用語として19世紀に酵素名として「pepsin」が用いられるようになり、やがて英語の特定の消化酵素名として定着した。

当初は『消化（の作用）』という一般的な意味を持っていたが、徐々に胃でたんぱく質を分解する特定の酵素を指す意味に変化した。