「antimetabolite」は近代英語で、接頭辞の「anti-」と名詞「metabolite」の結合に由来します。ここで「anti-」は「反対」を意味し、「metabolite」はギリシャ語の「metabolē（変化）」に由来します。

「metabolite」は19世紀の学術用語「metabolism（代謝）」（ギリシャ語 metabo lé に由来）から派生し、代謝産物を指す語として定着しました。20世紀に医学・薬理学の分野で「antimetabolite」が造られました。

当初は文字通り「代謝物に対するもの」を指しましたが、次第に代謝物に似て代謝を阻害する化合物、特に治療用途で用いられる薬剤を指すようになりました。