「germ theory」は英語で、「germ」（最終的にはラテン語の 'germen'）と「theory」（ギリシャ語の 'theoria'）を組み合わせた語に由来します。'germen'は「芽、種」を意味し、'theoria'は「観察、理論」を意味しました。

「germ」はラテン語 'germen'（および古フランス語 'germe'）を経て英語に入り、もともとは「種、芽」でしたが19世紀には「病気を起こす微小生物」を指すようになりました。「theory」はギリシャ語 'theoria' からラテン語・古フランス語を経て入りました。「germ theory」という複合語は19世紀中期に生まれ、微生物が病気を引き起こすという考えを指す標準的な用語になりました。

当初「germ」は「種・芽」を意味していましたが、時とともに「微生物」を意味するようになり、「germ theory」は微生物が病気を引き起こすという科学的説明を指すようになりました。