「anti-」はギリシャ語の'antí'に由来し「～に反対」を意味し、「vaccination（ワクチン接種）」は最終的にラテン語の『vacca（牛）』に由来する「vaccine」から来ている。エドワード・ジェンナーによる表現が起源。

「vaccine（ワクチン）」は18世紀末にニューラテン語の『vaccina』（牛に関するもの）から造られ、そこから「vaccination（ワクチン接種）」が生まれた。『anti-vaccination』という複合語は19世紀に登場し、当初は天然痘ワクチンへの反対を指し、後にワクチン全般への反対を指すようになった。

当初は主に天然痘ワクチンへの反対を意味していたが、時間を経てワクチン全般への反対（あるいは関連する運動）を指す語へと広がった。