「stereoisomer」はギリシャ語由来の要素から来ており、具体的には「stereo-」（ギリシャ語「stereos」由来）と「isomer」（ギリシャ語「isomerēs」由来）で、「stereos」は「固体・3次元的」を意味し、「isomerēs」は「isos（等しい）」と「meros（部分）」に基づいている。

「stereoisomer」は19世紀後半から20世紀初頭にかけて、立体化学の発展に伴い科学的な新ラテン語/ギリシャ語の語形成として「stereo-」と「isomer」を結合して英語で作られ、現在の英語語形になった。

当初は立体化学の文献で空間配置が異なる異性体を指すために用いられ、その核心的な意味は保持され、現在では原子の3次元配置が異なる異性体を示す標準用語となっている。