「グアニン」はドイツ語の「Guanin」に由来し、「guano」から派生しました。「guano」は窒素化合物が豊富な海鳥やコウモリの排泄物を指します。

「Guanin」は19世紀にグアノから初めて分離され、最終的に現代英語の「guanine」になりました。

最初はグアノに見られる物質を指していましたが、時間とともにDNAとRNAの塩基としての現在の意味に進化しました。