「fluorophore」はニューラテン語およびギリシャ語に由来する。ニューラテン語的要素の「fluor-」（ラテン語 'fluorescēre' に由来）は「（蛍光として）光を放つ」を意味し、ギリシャ語の接尾辞「-phore」（'phorē'/'phoros' に由来）は「運ぶもの・担い手」を意味する。

「fluorophore」は20世紀に科学用語として「fluor-」と接尾辞「-phore」を組み合わせて造られ、蛍光基や蛍光色素を指す技術用語として英語の学術文献に定着した。

当初は文字通り「蛍光を運ぶもの」を意味したが、時間とともに「標識やプローブとして用いられる蛍光性の分子・色素」という現在の意味に定着した。