「cyanobacterial」は近代学術の新ラテン語・英語に由来し、具体的には語幹「cyanobacteria」と形容詞語尾「-al」から成り、接頭辞「cyano-」はギリシャ語「kyanos」で「青」を意味し，「bacterium」は新ラテン語／ギリシャ語の「bakterion」で「小さな棒(菌体)」を意味します。

「cyanobacteria」は19–20世紀の学術命名でギリシャ語「kyanos」と新ラテン語「bacterium」から作られ，その後英語で形容詞化して「cyanobacterial」になりました。

当初は現在の「シアノバクテリア」が『青緑藻(藻類)』と記述されることが多かったが，分類学の進展により『光合成細菌』として再分類され，形容詞の用法も藻類的意味から細菌的・系統的意味へ変化しました。