「benzylpenicillin」は「benzyl」（ベンゼン由来のラジカルを示す化学命名）と「penicillin」（ラテン語の 'penicillus' に由来）の組合せに由来し、『benzyl』は『ベンゼン由来のラジカル』を、『penicillus』は『小さな刷毛（筆）状のもの』を意味した。

『penicillin』は筆状の分生子柄を持つ菌Penicilliumに由来し（ラテン語 'penicillus'）、1928年にアレクサンダー・フレミングが抗菌作用を発見して以降、菌が産生する物質＝抗生物質を指す語となった。『benzylpenicillin』（ペニシリンG）はそのうちベンジル置換を持つ代表的な形態として特定され、語が結びついた。

元々は筆状の菌を指す語だったが、時を経てその菌が産生する抗生物質を意味するようになり、『benzylpenicillin』は特にベンジル基を持つペニシリンGを指す語に発展した。