「bacillophobia」はニューラテン語と古代ギリシャ語に由来し、ニューラテン語の「bacillus」とギリシャ語の「phóbos」(φόβος) に由来します。ここで「bacillus」は（ラテン語の「baculum」＝棒の小形）「小さな棒」を意味し、「phóbos」は「恐怖」を意味します。

「bacillus」はラテン語の小形語「bacillum」（「baculum」の小形）からニューラテン語に入り「小さな棒」を意味しました。接尾辞「-phobia」はギリシャ語の「phobos」から来ており、これらが組み合わされて現代英語の「bacillophobia」が形成されました。

要素はもともと文字どおり「小さな棒への恐怖」を指しましたが、時がたつにつれて「細菌・病原菌への恐怖」という現代的な意味に発展しました。