『autotoxin』はギリシャ語由来の要素から成り、接頭辞『auto-』（ギリシャ語『autos』、意味は「自己」）と名詞『toxin』（ギリシャ語『toxikon』、意味は「毒」）に由来します。

『autotoxin』は現代の科学英語で『auto-』と『toxin』を組み合わせて作られました。『toxin』はもともとギリシャ語の『toxikon』（『toxon』＝弓・矢）に由来し、当初は『矢の毒』を指し、のちに一般的な『毒』を意味するようになりました。

もともと語根の『toxin』は広く『毒』（元は『矢の毒』）を指していましたが、時間とともに科学的用法で特定の有害物質を意味するようになり、『autotoxin』は『自ら産生して自身や同種に有害な毒』という現在の意味に特化しました。