「autoimmune」はギリシャ語とラテン語の要素から来ている：接頭辞「auto-」（ギリシャ語『autos』：自己）と「immune」（ラテン語『immunis』由来）。

『auto-immune』は20世紀初頭の医学文献でまずハイフン付きで使われ、その後ハイフンが外れて『autoimmune』という一語になった。

当初は「自己」＋「免疫・免除」の意を組み合わせた語だったが、医学分野で「自己に向かう免疫反応」を意味するようになり、現在は主に自己攻撃的な免疫過程やそれによる疾患を指す。