「apoenzyme」はギリシャ語由来の要素から来ており、接頭辞『apo-』（ギリシャ語『ἀπό』＝「離れて・〜から」）と『enzyme』（ニューラテン語／ギリシャ語『enzymon』『ἔνζυμον』＝もともとは「発酵するもの」）を組み合わせた語である。

「enzyme」は19世紀にニューラテン語・ギリシャ語から科学用語として入ってきた。『apo-』を付した『apoenzyme』は19世紀後半から20世紀初頭の生化学用語として成立し、補因子から分離された酵素のタンパク質部分を示す語として用いられてきた。

当初は補因子から『離れた』酵素部分を指す語として作られ、その意味は現在まで専門的に維持されている：補因子を欠いた酵素タンパク（ホロエンザイムの対義語）。