『antiatom』は英語の合成語で、接頭辞『anti-』（ギリシャ語『ἀντί』で「反対・逆」を意味）と名詞『atom』（ギリシャ語『ἄτομος』で「分割できないもの」を意味）を組み合わせている。

『anti-』はギリシャ語『ἀντί』に由来し英語で生産的な接頭辞となった。『atom』はギリシャ語『ἄτομος』からラテン語を経て英語に入った。『antiatom』という複合語は反物質が発見された20世紀以降に現れた現代英語の造語である。

当初は「通常の原子に対して反対の性質を持つ原子」という文字通りの意味で形成されたが、時とともに抗水素などの反物質でできた原子を指す専門用語として定着した。