「atom」は古代ギリシャ語の『atomos（アトモス）』に由来し、接頭辞の『a-』は「～でない」、『tomos（トモス）』は「切る」を意味した。

『atomos』はラテン語（例えば 'atomus'）や中世ラテン語を経て、古フランス語・中古英語に入り、最終的に現代英語の『atom』になった。

当初は「分割できない・切れない」という意味だったが、化学や物理学の発展に伴い「化学元素の最小単位」を指すようになった（現在では原子が亜原子粒子に分かれることが知られている）。