「small-molecule-based」は現代英語の複合語で、'small molecule'と形容詞化する要素'-based'から成る。'small'は古英語の 'smæl' に由来し「細い・小さい」を意味した。'molecule'はラテン語 'molecula'（'moles'の小形）に由来し、'moles'は「質量」を意味し、小形接尾辞'-cula'は「小さい」を示す。'base'（'-based'の語幹）は古フランス語経由でギリシャ語/ラテン語 'basis'（基礎）に由来する。

「small-molecule-based」は20世紀後半の科学・製薬分野で生じた語で、かつては 'based on small molecules' や 'small-molecule drugs' のように表現されていたが、徐々にハイフンで結んだ形が一般的になった。

個々の語はもともとそれぞれ「小さい」「分子」「基礎」を意味していたが、複合語としては『低分子に基づく（低分子由来の）』という専門的な意味を持つようになり、主に科学・医療分野で使われる。