'deprotonate'は現代英語に由来し、接頭辞'de-'と動詞'protonate'から成り、'de-'は「取り除く」を意味し、'protonate'は'proton'と化学命名の接尾辞'-ate'に由来します。

'proton'はギリシャ語の'protos'（最初）に由来し、化学用語として近代英語で定着しました。そこから'protonate'が作られ、19–20世紀の化学分野で'deprotonate'が造られました。

当初は化学命名でプロトンの付加や除去を指しましたが、'deprotonate'は特に「プロトンを取り除く」を意味する技術用語として定着しました。