「bacteriotherapy」はギリシャ語に由来し、具体的には『bakterion』と『therapeia』に由来する。『bakterion』は「小さな棒（little rod）」を意味し、『therapeia』は「治療（healing）」を意味した。

『bacteriotherapy』は新ラテン語的な造語（ギリシャ語由来の'bacterio-'と'～therapia/therapy'の結合）から変化し、20世紀の科学的用法を経て現代英語の'bacteriotherapy'になった。

語根は当初『細菌に関連する治療』を文字どおり指したが、次第に『マイクロバイオームを回復・調節するために生きた細菌や細菌群を用いる医療的処置』という現在の意味に発展した。