'autotrepanation'はギリシャ語と現代英語の造語から発し、具体的にはギリシャ語の'autos'と'trepanation'から来ており、'autos'は「自己（じこ）」を意味し、ギリシャ語の'trypanon'（ラテン／フランス語を経由）は「ボーラー（穴をあける工具）」を意味していた。

'trepanation'はギリシャ語'trypanon'→ラテン語／古フランス語の形（例：中世ラテン語／古フランス語のtrepanon/trepan）を経て英語の'trepan'/'trepanation'となり、'autotrepanation'はギリシャ語由来の接頭辞'auto-'を'trepanation'に付けた現代英語の合成語である。

当初ギリシャ語の語根'trypanon'は「穴をあける工具」を指していたが、やがて派生語'trepanation'は頭蓋に穴をあける手術を意味するようになり、'autotrepanation'はそれが自己行為であることを特に示す語に狭まった。