「amygdalectomy」はギリシャ語の「amygdalē」（アーモンド）と「ektomē」（切除）に由来します。

「amygdalē」は現代英語の「amygdala」に、「ektomē」は「ectomy」になり、「amygdalectomy」が形成されました。

最初はアーモンド形の構造の除去を指していましたが、時間とともに脳の扁桃体の除去を意味するようになりました。