「アメーバ目」はギリシャ語の「amoibē」に由来し、「変化」や「交換」を意味し、これらの生物の形状の変化を指す。

「amoibē」はラテン語の「amoeba」に変わり、科学的分類を通じて現代英語の「amoebida」になった。

最初は形状が変化する生物全般を指していたが、時間とともに特定の原生動物の目を指す現在の意味に進化した。