「アルカプトン」は「アルカリ」と「カプトン」の組み合わせに由来し、「アルカリ」はアルカリ金属またはアルカリ土類金属の塩を指し、「カプトン」はギリシャ語の「カプノス」（煙）に由来します。

「アルカプトン」は19世紀後半にアルカプトン尿症患者の尿中に見られる化合物を表すために作られました。

最初は尿中に見られる化合物を特に指しており、この意味は一貫して残っています。